Фёдор родился 28 сентября 1976 года в городе Рубежное Луганской области в семье Владимира Александровича, сварщика, и Ольги Фёдоровны, преподавателя ПТУ. По национальности — русский.
В 10 лет Емельяненко начал заниматься самбо и дзюдо. Неоднократно оставался в спортзале на ночь. Любопытно, что с собой на тренировки Фёдор начал приводить младшего брата, Александра, которого не с кем было оставить дома, в результате чего Александр сам стал профессиональным атлетом и одно время входил в десятку лучших тяжеловесов мира. Фёдор непрерывно продолжал занятия и после школы, во время обучения в городском ПТУ № 22, которое окончил с красным дипломом в 1994 году по специальности «электрик».
1995 по 1997 год Емельяненко проходил службу в российской армии, сначала в пожарных войсках, а потом в танковой дивизии под Нижним Новгородом. В армии Фёдор продолжал тренировки, однако из-за ограничений, связанных со срочной службой, больше работал со штангой, гирями, а также совершал кроссовые пробежки. В этот же период родители Емельяненко развелись, но в отличие от своего брата Александра, Фёдор поддерживал отношения с отцом до его смерти в августе 2012 года
После увольнения в запас в 1997 году Емельяненко получил звание мастера спорта России по самбо, а спустя два месяца, выиграв международный турнир в Курске, стал мастером спорта по дзюдо. Через год Фёдор получил звание мастера спорта международного класса по самбо, завоевав первое место на престижном международном турнире класса «А» в Москве, а также стал бронзовым призёром чемпионата России по дзюдо и бронзовым призёром чемпионата России по самбо. Кроме того, в 1998 году Емельяненко стал чемпионом по дзюдо среди вооружённых сил России в категории до 100 кг, а также стал вторым в абсолютной весовой категории
В 1999 году Емельяненко был приглашён в российскую сборную по самбо, в составе которой стал бронзовым призёром международных турниров класса «А», а также помог привести сборную России к золотой медали в командном чемпионате Европы в Стамбуле. Несмотря на спортивные успехи, из сборной Емельяненко ушёл, столкнувшись с несправедливостью в судействе и принципе отбора в команду, а также в связи с необходимостью заработков. Именно последний фактор подтолкнул Фёдора к выступлению в боях по смешанным правилам уже на профессиональной основе, так как на тот момент он уже обзавёлся семьей и «материальной поддержки со стороны региональных спортивных организаций не хватало». Впрочем, Емельяненко продолжил выступать по самбо и, впоследствии неоднократно становился чемпионом России и мира.
В 2000 году Фёдор усиленно начал изучать технику бокса под руководством своего нынешнего тренера, Александра Мичкова, и сфокусировался на выступлениях в ММА. В это же время Емельяненко присоединился к клубу «Russian Top Team» («RTT»), находившемуся под управлением Владимира Погодина. В 2003 году Фёдор покинул «RTT», впоследствии указав на недобропорядочность Погодина, и присоединился к клубу «Red Devil Fighting Team» под руководством Вадима Финкельштейна, с которым работал бо́льшую часть своей спортивной карьеры.
Полное имя: Фёдор Владимирович Емельяненко
Прозвище: Последний император
Рост: 183 см
Весовая категория: Супертяжёлая
Стиль: самбо, дзюдо, рукопашный бой, бокс
Боёв: 47
Побед: 40
Поражений: 7